Există mai multe pete diferite care pot fi folosite pentru a vizualiza și a fotografia ADN după ce materialul a fost separat prin electroforeză pe gel. Printre numeroasele alegeri, aceste cinci tulpini sunt cel mai obișnuit început cu bromura de etidiu, care este cea mai utilizată. Când lucrați cu acest proces, este important să cunoaștem nu numai diferențele dintre tulpini, ci și riscurile inerente pentru sănătate.
01 Bromura de etidiu
Bromura de etidiu este probabil cel mai bine cunoscut colorant utilizat pentru vizualizarea ADN-ului. Acest colorant poate fi utilizat în amestecul de gel, în tamponul de electroforeză sau în colorarea gelului după ce este rulat. Moleculele colorantului aderă la firele ADN și fluoresc în lumina UV, arătându-vă exact unde benzile se află în gel. În ciuda avantajului său, dezavantajul este că bromura de etidiu este un potențial cancerigen, deci trebuie tratată cu mare grijă. Din cauza potențialelor riscuri pentru sănătate legate de utilizarea acestui gel, s-au găsit alternative. 02 SYBR Gold
SYBR Gold poate fi folosit pentru a colora ADN dublu sau cu un singur fir, sau pentru a pata ARN. SYBR Gold a fost una dintre primele alternative la bromura de etidiu care a lovit piața și este considerată mai sensibilă decât bromura de etidiu. Colorantul prezintă o fluorescență UV de 1000 de ori odată ce este legată de acizi nucleici. Apoi penetrează gelurile agarozice groase și înalte și poate fi utilizat în geluri de formaldehidă. Deoarece fluorescența moleculei nelegate este atât de scăzută, nu se cere decopertarea. Titularii de licențe Molecular Probes au dezvoltat și au comercializat, de la lansarea SYBR Gold, și SYBR Safe și SYBR Green, care sunt alternative mai sigure la bromura de etidiu.
03 SYBR Verde
Petele SYBR Green I și II (din nou, comercializate de Molecular Probes) sunt optimizate pentru diferite scopuri. Deoarece se leagă de ADN, ele sunt considerate în continuare mutagene potențiale și din acest motiv trebuie tratate cu grijă. SYBR Green I este mai sensibil pentru a fi utilizat cu ADN dublu catenar, în timp ce SYBR Green II, pe de altă parte, este cel mai bun pentru utilizarea cu ADN sau ARN monocatenar. Ca petele populare de bromură de etidiu, aceste pete foarte sensibile fluoresc sub lumină UV. 04 SYBR Safe
SYBR Safe a fost conceput pentru a fi o alternativă mai sigură la bromura de etidiu și alte pete SYBR. Nu este considerat deșeu periculos și poate fi eliminat, în general, prin sistemele regulate de canalizare (adică pe canalul de scurgere), deoarece testarea toxicității indică faptul că nu există toxicitate acută. Testarea indică, de asemenea, că genotoxicitatea este mică sau deloc în cazul celulelor embrionare de hamster sirian (SHE), limfocitelor umane, celulelor limfomului de șoarece și în testul AMES. Pata poate fi utilizată cu un transilluminator cu lumină albastră care cauzează o deteriorare mai redusă a ADN-ului vizual și oferă o eficiență mai bună pentru clonarea ulterioară. 05 Eva Green
Eva Green este un colorant fluorescent verde care a fost găsit a inhiba PCR într-o măsură mai mică decât alte coloranți. Acest lucru îl face foarte util pentru aplicații cum ar fi PCR cantitative în timp real. Este, de asemenea, o alegere bună dacă utilizați geluri cu punct de topire redus pentru recuperarea ADN-ului. Este foarte stabilă la temperaturi ridicate și are fluorescență foarte scăzută pe cont propriu, dar este foarte fluorescentă când este legată de ADN. De asemenea, sa demonstrat că Eva Green are o citotoxicitate sau mutagenitate foarte scăzută sau deloc.